El CCT Rosario se creó en mayo de 2007 a partir de una reorganización de la estructura del CONICET a nivel nacional que buscaba desconcentrar la gestión administrativa e institucional. El CCT incorporó las dependencias y personal del Centro Regional de Investigación y Desarrollo Rosario (CERIDER) que había sido fundado en 1979 por CONICET.

Para 1979, ya existían en la ciudad dos institutos de investigación del Consejo: el Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos (CEFOBI) fundado en 1975 y el Instituto Rosario de Investigaciones en Ciencias de la Educación (IRICE) nacido en 1977. En el transcurso de los siguientes años se crearon nuevas unidades ejecutoras que se integraron a lo que constituye en la actualidad el CCT Rosario.

En 1980 se conformaron el Instituto de Física Rosario (IFIR) y el Instituto de Química Orgánica y de Síntesis (IQUIOS), actualmente Instituto de Química Rosario (IQUIR). Al año siguiente nació el Instituto de Fisiología Experimental (IFISE) y en 1999 fue fundado el Instituto de Biología Celular y Molecular de Rosario (IBR). El Centro Internacional Franco-Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas (CIFASIS) y la Unidad Ejecutora en Red de Investigaciones Socio-Históricas Regionales (ISHIR) se constituyeron en 2007. En 2014 se sumaron: el Instituto de Procesos Biotecnológicos y Químicos (IPROBYQ),  el Instituto de Inmunología Clínica y Experimental de Rosario (IDICER), el Instituto de Investigaciones en Ciencias Agrarias (IICAR) y el Instituto de Investigaciones para el Descubrimiento de Fármacos (IIDEFAR). El Instituto de Estudios Críticos en Humanidades (IECH), es el de más reciente creación, en 2015.

En los últimos años, el CONICET en Rosario experimentó un fuerte crecimiento en recursos humanos y equipamiento que fue acompañado con un aumento en su infraestructura. En 2011 se inauguraron la sede del CCT que alberga sus oficinas administrativas, y el edificio del IBR. Un año después, se pusieron en funcionamiento las instalaciones del CIFASIS y, en 2013, las del IFIR.

La inauguración de estas obras en el predio del Centro significó la incorporación de más de 9500 metros cuadrados para el desarrollo de la investigación. Su construcción fue financiada por el Plan de Infraestructura para la Ciencia y la Tecnología del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva de la Nación y por el CONICET. Actualmente, se encuentran en obras el edificio del IQUIR y el que compartirán el CEFOBI e IFISE. Su finalización sumará 6900 metros cuadrados a la infraestructura existente.

Durante sus veinte primeros años de existencia el Centro tuvo múltiples dificultades para desarrollar sus actividades, pero a partir de 2001 asumió con firmeza su rol como promotor de la transferencia de conocimiento al medio socio-productivo convirtiéndose en un actor fundamental para el desarrollo científico y tecnológico de la región.